Calcutta, 1916. Una locomotiva infuocata squarcia la notte portandosi dietro un carico di morti innocenti.
Sotto una pioggia scrosciante, la medesima notte un giovane tenente inglese sacrifica la vita per portare in salvo due gemelli neonati, un maschio e una femmina, inseguiti da un tragico destino.
Calcutta 1932. Ben, il gemello maschio, compie sedici anni e festeggia l'inizio della sua vita adulta, l'arrivo del giorno in cui dovrà abbandonare l'orfanotrofio St Patrick's per prendere in mano il suo futuro. Festeggia anche l'ultimo giorno della Chowbar Society, un club segreto che conta sette membri, sette orfani come lui, e che per anni si è riunito allo scoccare della mezzanotte, sotto un tetto di stelle, nella sala principale di un antico edificio in rovina, il Palazzo della Mezzanotte.
Mentre i sette ragazzi celebrano la loro ultima riunione, il passato bussa alla porta di Ben. Una bellissima ragazza, la sorella gemella di nome Sheere, entra nel palazzo e inizia a raccontare una storia. È una storia d'amore, morte, pazzia e vendetta che come un'ombra nera si proietta sul futuro del fratello. Le braci dell'incendio di sedici anni prima ricominciano ad ardere. Per tre interminabili giorni i membri della Chowbar Society cercano di decifrare il mistero che si nasconde dietro il passato di Ben e della sorella, mentre combattono contro un incendio appiccato da uno sconosciuto che desidera soltanto la morte dei due gemelli. E quando ormai l'inferno sembra aver preso il sopravvento e un destino scritto sedici anni prima pare ormai inevitabilmente avverarsi, il fuoco all'improvviso si spegne... e una candida neve scende sulle strade di Calcutta.
Scritto prima dell'Ombra del vento, Il Palazzo della Mezzanotte già contiene tutti gli elementi che hanno reso Zafón uno dei più importanti scrittori sulla scena internazionale. Alla magia di Barcellona si sostituisce una Calcutta misteriosa, decadente, tra le cui strade si dipana un terribile enigma, che una volta risolto porta alla luce i lati più oscuri e più nobili dell'animo umano.